������޷���������ʼ��������˴��ۿ����ݣ�������ϣ���յ������ʼ��������˶���

����д������ִ

������Hi-C������ͻ�ƾ�׼ҽ��


        Hi-C����Դ��Ⱦɫ�幹�󲶻�Chromosome Conformation Capture��3C��������������ϸ����Ϊ�о��������ø�ͨ�������������������Ϣѧ�������о�ȫ�����鷶Χ������Ⱦɫ��DNA�ڿռ�λ���ϵĹ�ϵ����ʾȾɫ�����ά�ṹ��2015�꣬�������������о�Ժ��NIH��������������Ⱦɫ�����ά�ṹ�о�������Ϊ��һ����֪�������ش����������׼����Ϊ��ͬ�����ش���Ŀ������3D ��С�塱��3D-Nucleome���ƻ���2016�꣬�й������׼ҽ�Ƽƻ������ҿƼ�����������׼ҽѧ�о��������ص��з�ר��ɼ�Hi-C���뵽�����о�����ͻ�ƾ�׼ҽ�Ƶ���Ҫ����

        ֮ǰ�����о��༯���ڻ����顢ת¼��ͱ������棬��ҹ�ע����ͻ�䡢������ζ��ڼ�����Ӱ�졣�����꣬Ⱦɫ����ά�ṹ��Hi-C����Ϊո�µ��о������ڼ����о��еĵ�λԽ��Խ��Ҫ���߷����²��������1��

��1 Hi-C�ڼ����е����·������

���
�ڿ�
Ӱ������
�����
2016��
Genome Research
11.351
Hi-C�о�ǰ���ٰ���������
2016��
Cell
28.71
����Hi-C�о����ʪ�Թؽ��ס�
1�����򲡺�Crohn�ϲ����������߼���
2016��
Nature
38.138
Hi-C�о�XȾɫ���Ĭ����
2015��
Cell
28.71
Hi-C�о���ָ���λ���
2015��
Genome Research
����Hi-C�о����ٰ���������
2015��
Genome Biology
10.81
Hi-C�о����ٰ���������
2014��
Nature Communication
11.47
����Hi-C�о���ֱ������������

һ������Hi-C��������
1. ����ѡ��

    ����ϸ��/��֯�Լ�����ϸ��/��֯��
2. ������ԣ�
    ����ֱ���40kb�����ϣ�Illumina HiSeq PE150����
3. ����Hi-C����ѧ�о����ԣ�

ͼ1����Hi-C����ѧ�о�����

������������
����1��Hi-C�о����ٰ���������

        ��ƪ���·�����Genome Biology�ϣ�IF=10.81����ѡȡ��������Ƥϸ��ϵMCF-10A�����ٰ�ϸ��ϵMCF-7 ������˼·����������Ҫ���ڲ�ͬ�ֱ����½���Ⱦɫ����ά�ṹ�ıȽϡ�

1. ����ѡ��
    ����ѡȡ����ϸ��ϵ����������Ƥϸ��ϵMCF-10A�����ٰ�ϸ��ϵMCF-7��
2. �Ŀ⼰������ԣ�
    �Ŀ⣺Hi-C�Ŀ�+ת¼���Ŀ�
    ������ԣ� RNA-seq��HiSeq 2000 SE100
    Hi-C��HiSeq 2000 PE100
3. �о�˼·

ͼ2 �����о�˼·

4. �о����չʾ
��1��1M�ֱ�������������Ƥϸ��ϵMCF-10A�����ٰ�ϸ��ϵMCF-7��Ⱦɫ�廥���ϵIJ���
        ͨ��Ⱦɫ���໥������ͼ�Ƚϣ������Ǻ���Ѱ�Ҷ��ߵIJ��죬����˵�۲쵽�IJ��첻���ԣ����IJ�ȡ���������㷨������ؽ�����ϸ��ϵ�Ļ�����ͼ���ϵ�һ��ͼ�У����������СȾɫ���У�16-22��Ⱦɫ�壩��MCF-10Aϸ��ϵ���н�ǿ�Ļ����໥���á�


ͼ3 MCF-10A��MCF-7��16-22��Ⱦɫ����໥���ñȽ�

��2��A/B compartment �������
        ֮ǰ���о��������������ڵ��໥����������ģʽ����������(A-type���ͷ������(B-type���������ٰ�ϸ��ϵMCF-7��������Ƥϸ��ϵMCF-10A�������м�������������������MCF-10A��MCF-7�Ŀ��źͷ������ֲ������Ϸdz����ƣ�ֻ��һЩ������A��B���һ���B��A���ҵ�ת������Щת�������еĺܶ����Ͱ�֢��Ҫͨ·WNT��ء�


ͼ4 A/B compartment �������

��3��TAD�������
       MCF-10A��MCF-7�������д��ģȾɫ���໥���ò���͸ı�Ļ����������Ƿ���TAD�γɺͻ��������Ӱ����δ֪�ġ�Ϊ���������⣬��40kb�ֱ���������TAD�߽磬����һЩTAD�߽������ٰ�ϸ��ϵ���еġ�


ͼ5 TAD�������

����2������Hi-C�о����ʪ�Թؽ��ס�1�����򲡺�Crohn�ϲ����������߼���

       ��ƪ������2016��11��18����Ӣ��Babraham�о���Peter Fraser��ʿ�о��Ŷӷ�����Cell�ϣ�Babraham�о���һֱרע�ڲ���Hi-C�������з���Ӧ�ã������Ⱥ󷢱���Genome Research��Nature Genetics�ϡ�

1. ����ѡ��
     17�ֲ�ͬ���͵�Ѫϸ��������Naive CD4+ T cells��Megakaryocytes��Neutrophils���������߼�����ص�ϸ��ϵ��
2. �Ŀ⼰������ԣ�
     �Ŀ�: Hi-C��Capture Hi-C
     ������ԣ�Illumina HiSeq2500
3. ����:
       ͨ����17�ֲ�ͬ���͵�Ѫϸ����������໥���õĵ���Ԫ�����飬���Ľ��������ڸ���ϸ�������е����ض������Զ�̵���Ԫ���ļ��ϡ�Զ�̵���Ԫ�������һЩ΢С�仯������Ż�����������أ������ض������ķ��������о������˳�ǧ�������ض�������ص��»��򣬰������ʪ�Թؽ��ס�1�����򲡺�Crohn�ϲ��ȼ�����


ͼ6 ����Hi-C��ʾ������ػ���

����3��Hi-C��ʾ��ָ���λ���

��ƪ���·�����Cell�ϣ����õIJ����������Լ������ḻ�̶ȶ��ǵ�һƪ���ٰ����´ﲻ���ġ�

1. ����ѡ��
     ��ָ���β��˵�ѪҺ������Ƥ����֯������Ұ��С����̥��ϸ����CRISPR�༭���ͻ��С��ģ�͡�
2. ���������ࣺ
     Hi-C��4C-seq����ȫ��������������Ӳ���RNA-seq��ChIP-seq�ȡ�
3. �о�˼·��
       ���ĴӲ���������������ȡ���ز���Ѱ����ָ���ζ�Ӧ��Ⱦɫ����죬���Ų�ȡС��ģ����֤Ⱦɫ������Ƿ�����Ⱦɫ����ά�ṹ�ı仯�����ջع鲡��������ʾ��ָ���εĻ��ơ�������Ⱦɫ����죨ȱʧ�����ơ���λ��������Ⱦɫ����ά�ṹ�ı仯��ʹԭ����TAD�߽类���ƣ��Ӷ�Զ�̵���Ԫ����Ŀ�Ļ����Ļ��������ı䣬���������ˮƽ�ı䣬�����ָ���Ρ�


ͼ7 �о�˼·

4. ���չʾ��
��1�����ز���Ѱ����ָ������ص�Ⱦɫ�����
       ����ָ���β���ѪҺ����������ȫ�������ز��򣬷�����������ָ�����о�����Ӧ��Ⱦɫ����췢���� ��ָ��Ⱦɫ��ȱʧ������EPHA4 ��PAX3 �DZ�������һ�����򣬲�ָ��Ⱦɫ�嵹λ�������ƣ���ָ��Ⱦɫ�������ơ�


ͼ8 ��ָ����������Ⱦɫ��������

��2��CRISPR ����������ָ���������С��ģ�ͣ�̽��Ⱦɫ����������Ⱦɫ����ά�ṹ�仯
       ��С��ģ������4C-seq����Ⱦɫ�����ŵ����쳣���Ļ����뺬��Epha4 ��TAD�����µ��໥���ã���Ⱦɫ���������Ⱦɫ����ά�ṹ�����仯��TAD�ı߽�ı䣩�� ���⣬���ķ��ص�������������ָ����ָ����ָ���˳���άϸ��4C-seq�����С����ָ4C-seq����Hi-C����߶����ƣ��ڲ���ϸ��ϵ�����ƻ���TAD�����໥�����쳣��


ͼ9 Ⱦɫ���������Ⱦɫ����ά�ṹ�仯

��3�� TAD�߽�ı䵼��Զ�̵���Ԫ����Ŀ�Ļ����໥���÷����仯
       ������е�ChIP-seq���ݷ��֣��߽緢���仯��TAD�к�����Ҫ����ǿ�ӣ���Щ��ǿ��������TAD�ڵĻ������쳣�Ļ��������µ������ң������ָ���Ρ�


ͼ10 ��ǿ�������������

�ο����ף�
[1]Taberlay P C, Achingerkawecka J, Lun A T, et al. Three-dimensional disorganisation of the cancer genome occurs coincident with long range genetic and epigenetic alterations.[J]. Genome Research, 2016.
[2]Javierre B M, Burren O S, Wilder S P, et al. Lineage-specific genome architecture links enhancers and non-coding disease variants to target gene promoters[J]. Cell.
[3]Giorgetti L, Lajoie B R, Carter A C, et al. Structural organization of the inactive X chromosome in the mouse.[J]. Nature, 2016, 535(7613).
[4]Lupi��ñez D G, Kraft K, Heinrich V, et al. Disruptions of topological chromatin domains cause pathogenic rewiring of gene-enhancer interactions.[J]. Cell, 2015, 161(5):1012-25.
[5]Dryden N H, Broome L R, Dudbridge F, et al. Unbiased analysis of potential targets of breast cancer susceptibility loci by Capture Hi-C.[J]. Genome Research, 2014, 24(11):1854-1868.
[6]Barutcu A R, Lajoie B R, Mccord R P, et al. Chromatin interaction analysis reveals changes in small chromosome and telomere clustering between epithelial and breast cancer cells[J]. Genome Biology, 2015, 16(1):1-14.
[7]Jäger R, Migliorini G, Henrion M, et al. Capture Hi-C identifies the chromatin interactome of colorectal cancer risk loci[J]. Nature Communications, 2015, 6.


��ϵ���ǣ�
��ŵ�Ŵ����Ƽ������������޹�˾
��ַ�������о��ü����������ƴ�����88��ԺB1-B2����������ׯ����ҽҩ԰8��¥����100176
�绰��4008-986-980
���䣺service@genome.cn
������www.genome.cn


����ҳ�ɰ�ŵ�Ŵ����Ƽ�ί�� ����ͨ �������